Juan Pablo II, en su segunda visita a Nicaragua, conociendo las graves dificultades y problemas que ha pasado este país, percibiendo los sufrimientos morales de hoy en día, vió la necesidad de abrir un Seminario Misionero Arquidiocesano, para llevar el evangelio a todos los rincones de la diócesis y del mundo entero, y así lo recomendó al Cardenal Miguel Obando Bravo. Como respuesta a esto, el Cardenal, tras haber hablado con el catequista responsable del Camino Neocatecumenal en Nicaragua (P. Juan Buiges) pidió, en septiembre del 1996, un seminario Redemptoris Mater.

El P. Juan llevó la carta del Arzobispo de Managua a Kiko Argüello (iniciador del camino neocatecumenal junto con Carmen Hernández y al que el Señor inspiró, bajo la luz del Concilio Vaticano II, este nuevo tipo de seminarios) a una convivencia de oración que se hace anualmente en Porto San Giorgio, Italia, para enviar chicos provenientes de Camino Neocatecumenal a estos seminarios misioneros. Allí van muchachos que están dispuestos a ir a todas las naciones pues los Seminarios Redemptoris Mater son misioneros e internacionales. En esta misma reunión el P. Juan Buiges eligió por sorteo la reliquia de San Gerardo María Mayela como protector del naciente seminario de Managua. San Gerardo es un santo excepcionalmente milagroso.

La marcha del Redemptoris Mater de Nicaragua empezó el 20 de Febrero de 1997 con seis muchachos nicaragüenses y seis extranjeros viviendo de dos en dos en familias cristianas, y teniendo como formadores el P. Agustín Ruíz (claretiano) y a José García procedente del seminario de Roma. Los chicos estudiaban en la facultad de Filosofía y Teología de la UNICA juntos con los del seminario “la Purísima”. Hasta el presente, esta forma de estudios continua vigente.

En el mes de Marzo de 1997 se recibe la donación del terreno de casi diez manzanas de extensión, ubicado en Las Lomas de San Judas de la ciudad de Managua para la construcción del Seminario.

Posteriormente el 3 de Agosto de 1997 Su Eminencia Reverendísima Cardenal Miguel Obando Bravo firmó el Decreto de “erección del Seminario Redemptoris Mater Misionero Arquidiocesano (Nuestra Señora de Guadalupe), quedando dicho seminario bajo la autoridad del arzobispo de Managua”.

En Octubre de 1997 vinieron a Nicaragua los Sres. Kiko Argüello, Carmen Hernández y P. Mario Pezzi – responsables del camino neocatecumenal-. En esta ocasión tuvieron un coloquio con el Cardenal y con las máximas autoridades del clero sobre esta nueva realidad en la diócesis; quedaron muy complacidos con el maravilloso terreno donado para la construcción del seminario; formaron una comisión para la construcción, además de dar una palabra de ánimo a los seminaristas.

Una vez finalizada la construcción, en mayo del 2004, los iniciadores del Camino Neocatecumenal volvieron para la Solemne Inaguración del Seminario presidida por S.E.R. Cardenal Miguel Obando. A este acto también asistieron el presidente de la República Ing. Enrique Bolaños, el entonces alcalde de Managua Herty Lewites (q.e.p.d), el Seminario Redemptoris Mater de El Salvador, Equipos de catequistas de países centroamericanos y los hermanos de las comunidades neocatecumenales de la región, quienes fueron acogidos por los hermanos nicaragüenses. Una vez finalizado el acto, los asistentes pudieron entrar a conocer las instalaciones del Seminario. Actualmente el seminario alberga a 52 seminaristas de 16 nacionalidades.